Karel je zakladatelem společnosti TROBICO, kterou vybudoval v roce 1992 a od jejího vzniku je její hlavní tváří a přirozeným lídrem. Firma pod jeho vedením vznikala v období zásadních společenských a ekonomických změn a od samého počátku byla koncipována jako odborně silná, profesně nezávislá a dlouhodobě stabilní projekční kancelář. Karel se výrazně podílel na formování její kultury, důrazu na kvalitu návrhů, technickou preciznost a zároveň se dlouhodobě věnoval systematické výchově a profesnímu rozvoji mladších kolegů, z nichž vyrostla řada zdatných projektantů nastupující generace.

Na počátku 90. let stál u zrodu České komory autorizovaných inženýrů a techniků činných ve výstavbě (ČKAIT), kterou spoluzakládali jeho vysokoškolští spolužáci v reakci na potřebu jasně definovaných profesních standardů v nově se formujícím tržním prostředí. Patřil mezi první odborníky, kteří získali autorizaci, včetně dnes již symbolického kulatého razítka, jež představuje nejen formální oprávnění, ale především profesní integritu, osobní odpovědnost a garanci odborné úrovně projektové činnosti. Tato etapa zásadně ovlivnila jeho pohled na roli projektanta jako klíčového článku mezi investorem, veřejným zájmem a realizací stavby.

Před rokem 1989 působil Karel Trojan ve Vojenském projektovém ústavu (VPÚ), kde se podílel na řadě významných infrastrukturních staveb celostátního významu. Mezi nejvýznamnější patří jeho účast na projektových pracích souvisejících se Strahovským tunelem, klíčovou dopravní stavbou Prahy, která propojila západní část města s jeho severním a východním sektorem a stala se zásadní součástí městského okruhu. Projektování i realizace tunelu patřily k technicky mimořádně náročným úkolům své doby, a to jak z hlediska geologie, tak organizace výstavby v hustě zastavěném městském prostředí. Další významnou kapitolou byla jeho spolupráce na výstavbě pražského metra, například stanice Hradčanská, která je dodnes jednou z klíčových přestupních a dopravních staveb v historicky citlivém území hlavního města. Práce na těchto projektech mu poskytla hluboké technické zkušenosti, systémové uvažování i respekt k dlouhodobé životnosti a společenskému významu staveb.

Souhrn těchto profesních etap – od velkých státních infrastrukturních projektů přes formování profesních institucí až po vybudování vlastní společnosti – vytváří pevný základ osobnosti Karla Trojana jako respektovaného odborníka, jehož profesní dráha je úzce spjata s vývojem českého stavebnictví posledních desetiletí.